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         下面就PCR儀的一些主要需要考慮的因素做簡單的說明： 
         1、樣本管的種類：
         現在主要有0.2ml和0.5ml兩種，使用0.5ml PCR管的人員已經很少了，一是0.5ml PCR的薄壁管比較少，二是如果想要較大體積的PCR產物，可以通過多分幾個0.2ml PCR管來實現。 除非經常需要較大體積的PCR產物，否則可以不用考慮0.5ml型的PCR儀 。
         2、樣本容量：
         種類很多，0.2ml的有96孔和48孔，0.5ml的有60孔和30孔，384孔等，當然還有一些其他組合：如0.2ml的48孔與0.5ml的30孔組合。
         3、溫度梯度功能：
         即不同列或不同行之間溫度可以為不同的溫度。這一功能對于固定PCR程序的檢驗人員來講，可能用處不大，但對于經常進行不同基因擴增的研究人員來講可以說是需要的。
         4、計算控溫與模塊控溫：
         模塊控溫是早期PCR儀所使用的控溫方式，即所設定的溫度為加熱模塊的溫度，在變溫過程中，快要達目標溫度時，PCR儀將升降溫速率降低，讓模塊的溫度慢慢接近目的溫度，而不發生過沖。
         計算控溫也稱為管式控溫，即考慮的是PCR反應管中的溫度，為了增加使反應管中溫度到達目的溫度，模塊溫度先過沖，然后在反應管中溫度接近目的溫度時調節到合適的溫度，調節方式是通過理論計算與實驗相結合而來的，與反應管中的反應液的體積有關，因此計算控溫模式都需要實驗人員輸入反應液的體積。計算控溫模式已經是普遍采用的方式了。
         5、斷電保護功能：
         這也是一個很有用的功能，主要是在中小城市，經常會發生短時間停電、保險絲融斷以及空氣開關跳閘等現象，如果沒有這一功能，開機后不能自動接下來進行實驗，往往會影響工作。
         6、熱蓋功能：
         熱蓋功能是各個廠家都有的，如果沒有，怕是沒人要了。熱蓋也分為可調式熱蓋和不可調式熱蓋。可調式熱蓋中又有力矩式可調熱蓋，主要解決在壓緊熱蓋時用力過大及過小的問題。
         7、軟件功能：
         儀器軟件功能方面當然都可以設置PCR程序了，只是方便不方便的問題，用熟了便方便了，差別不大。只是有的顯示屏大些，可以畫出一個溫度變化曲線來，但大都是模擬的，意義也不大，只是好看些。還有如每個循環增減溫度以及增減時間的功能，好像多數儀器都有，如有這方面的需要則要注意一下。
         8、使用壽命：
         儀器的使用壽命，如果不考慮維修的成本，則主要與半導體制冷片的壽命相關。
         9、 電源穩定性：
         這是一個很重要的因素，但也是用戶有所忽視一個因素。因為大多數的儀器出現故障都是由于電源問題或是電源問題造成的。由于PCR儀是一個變溫儀器，也是一個使用時間長并且經常連續使用的儀器，有些用戶1天使用達20小時左右。電源出問題的原因是多方面的，一是潮氣和灰塵，在，北方的灰塵很大，南方的潮氣很重。有時灰塵大到有些PCR儀打開后看不到電子元件了，電路板散熱不好，造成電源部分燒壞。有時潮氣大到儀器內可以流出水來，造成電路板短路，電源部分燒壞。
         10、維修成本與保修時間：
         這是一個很實際的問題，大多數PCR儀都只保修一年，有些在用戶的要求下會增加保修時間。一般儀器的保修費用為儀器價格的8-12%每年，所以保修也就是錢。一般來講儀器的維修成本會比較高，一是配件成本本身就高，二是運輸費用及關稅等。另外儀器廠家一般不允許進行原件的維修，是出于利潤以及質量兩方面的考慮，其實國外元件維修的成本也許比換電路板成本還高。因此只有人員才進行元件的維修，人力成本低，水平也高些。
         11、溫度的準確性與性：
準確性與性都是有標準定義的。指調查或試驗中同一指標或性狀的重復觀測值彼此接近程度的大小。就PCR儀來講，準確性指的是設定溫度與實際溫度差別的大小，而性則是指不同孔間溫度的差別。一般來講，加熱模塊的溫度的準確性和性都要好些。
         12、升降溫速率：
這是很多的購買者關心的問題，它可能會影響PCR反應時間。但在這個問題上有些理解上的差別。一般儀器所標注都是大升降溫速率，而用戶所理解的是溫度差與升降溫所用時間比值。這是有些用戶發現升降溫速率達不到儀器所標注的速率的原因。用戶所關心的是對用戶來講有意義的。過度的升降溫速率對于用戶來講意義不大，因為容易引發溫度過沖，并需要較長時間來調整。